Ngày 05 tháng 4 năm 2016, Ủy ban nhân dân tỉnh đã ban hành Quyết định Quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Kon Tum.
Theo đó, cơ cấu tổ chức và biên chế của Sở Kế hoạch và Đầu tư gồm:
1. Lãnh đạo Sở: Sở Kế hoạch và Đầu tư có Giám đốc và không quá 03 (ba) Phó Giám đốc. Trước mắt tiếp tục duy trì số lượng Phó Giám đốc Sở hiện có để đảm bảo ổn định và chỉ được bổ sung thêm khi có số lượng Phó Giám đốc Sở hiện có chưa đạt đủ số lượng quy định.
2. Cơ cấu tổ chức:
a) Văn phòng;
b) Thanh tra;
c) Các phòng chuyên môn, nghiệp vụ:
- Phòng Tổng hợp, Quy hoạch;
- Phòng Đăng ký kinh doanh;
- Phòng Kinh tế ngành;
- Phòng Đấu thầu, Thẩm định và Giám sát đầu tư;
- Phòng Kinh tế đối ngoại;
- Phòng Khoa giáo, Văn xã;
- Phòng Doanh nghiệp, kinh tế tập thể và tư nhân.
Quyết định có hiệu lực thi hành từ ngày 15/4/2016 và thay thế Quyết định số 54/2009/QĐ-UBND ngày 05/10/2009 của Ủy ban nhân dân tỉnh về việc Ban hành Quy định về chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Sở Kế hoạch và Đầu tư tỉnh Kon Tum.