Các đơn vị trực thuộc Sở bao gồm: Văn phòng; Thanh tra; Phòng Tổng hợp, Quy hoạch; Phòng Kinh tế ngành; Phòng Kinh tế đối ngoại; Phòng Khoa giáo, Văn xã; Phòng Đăng ký Kinh doanh; Phòng Doanh nghiệp, kinh tế tập thể và tư nhân; Phòng Đấu thầu, Thẩm định và Giám sát đầu tư.