Theo đó, Bộ Tài chính quy định một số nội dung mới như sau:
          - Đối với dự án sử dụng vốn ngân sách nhà nước: Cơ quan nhà nước có thẩm quyền thẩm định dự án đầu tư xây dựng thu tiền phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng được để lại 65% trên số tiền phí thẩm định thu được và chuyển cho cơ quan tham gia ý kiến về thiết kế cơ sở 25% trên số tiền phí thẩm định thu được và 10% nộp vào ngân sách nhà nước.
          - Trường hợp dự án bao gồm nhiều loại công trình thì cơ quan quản lý nhà nước chủ trì tham gia ý kiến về thiết kế cơ sở có trách nhiệm phân bổ 25% phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng cho các cơ quan tham gia ý kiến về thiết kế cơ sở.
           - Đối với dự án khác (không sử dụng vốn ngân sách nhà nước): Người quyết định đầu tư tự tổ chức thẩm định thì người quyết định đầu tư nộp 25% trong số tiền phí thẩm định dự án đầu tư xây dựng cho cơ quan tham gia ý kiến về thiết kế cơ sở.
            Thông tư này có hiệu lực kể từ ngày 01/02/2012. Thay thế Thông tư số 109/2000/TT-BTC ngày 13/11/2000 của Bộ Tài chính hướng dẫn chế độ thu, nộp và sử dụng lệ phí thẩm định đầu tư.